Çoğu pankreas kistinin sebebi bilinmemektedir. Von Hippel-Lindau (VHL) hastalığı (pankreas ve diğer organları etkileyebilen genetik bir bozukluk) gibi nadir hastalıklarla ilişkilidir.

Bazı kistik tümör tipleri (ör. müsinöz lezyonlar) genetik ve hormonal faktörlerle ilişkilendirilebilir.

Psödokistler, sıklıkla sindirim enzimlerinin zamanından önce aktif hale geldiği ve pankreası tahriş ettiği (pankreatit), acı veren bir durumu takip eder. Psödokistler ayrıca, araba kazası gibi durumlardan kaynaklanan karın hasarı sonucu da olabilir.

Alkol kullanımına bağlı ve safra taşına bağlı pankreatit sonrasında psödokist gelişimi daha sık görülebilir.